Regisztráció Blogot indítok
Adatok
ebarta

26 bejegyzést írt és 5 hozzászólása volt az általa látogatott blogokban.

Admin Szerkesztő Tag Vendég
Az élet kódjai Lassú víz 2017.12.14 23:11:20
A blogbejegyzés olvasása közben ezt a zenét javaslom: Az egész úgy kezdődött, hogy kértem hozzáférést a magyar szuperszámítógépekhez. Először is, ki kellett tölteni egy webes űrlapot, ami elküld egy PDF-et, amit ki kell nyomtatni, tintával aláírni és elpostázni vagy elfaxolni a NIIF-hez. Már van…..
ebarta 2017.12.17 10:37:43
@Travis.CG: Azért kellene dedikált gép, mert ezekben a NIIFI-s HPC-kben nincs diszk a node-okban (hiába kértem anno). A NUMA-s gép se a legideálisabb nagy memóriaigényű programok futtatására. A legjobb megoldás szerintem két fatnode (egy nagymemóriás és egy sokprocesszoros számítós) lenne belső SSD-s hardware raid-del, meg egy külső nagy tároló.
De teljesen egyetértek, az adminisztráció se jó és sajnálatos, hogy nem hajlandók figyelembe venni a genomika speciális igényeit.
Genomikai blog Újraéled a blog 2014.09.30 15:33:36
Három évi feltöltődés után megpróbálom újraéleszteni a blogot. Ehhez külső segítséget is kértem. Rögtön az első posztot Nagy Gergely PhD hallgatóm jegyzi.  ..
Bréking! A BGI Budapesten létesíti a közép-európai központját!Tegnap még csak egy-egy internetes hírportálon, ma már a reggeli újságokban és gyakorlatilag az összes hírportálon és most már a Nemzeti Fejlesztési Minisztérium honlapján is olvasható, hogy Semjén Zsolt…..
Megakadt a szemem egy index cikken, aminek a címe: „Megfejtették a vadkender genomját”. Aztán arra kaptam fel a fejem a cikkben, hogy „A kutatócsoport egyelőre a nyers genetikai információt tette közzé, ami 131 milliárd bázispárt jelent.”. Utánajártam egy…..
A GenomeWeb szerint az Illumina csökkentette a humán genomszekvenálási szolgáltatása árait. Ez azt jelenti, hogy ha valaki tíz humán genom szekvenálását megrendeli, akkor csak 50 ezer dollárt kell fizetni (5000$ / genom). Ha ezt forintosítjuk (200 forintos dollárral és 25%-os…..
Franciaországban elindítanak egy új búza genomkezdeményezést.  A programra 9 év alatt 39 millió eurót (több mint 10 milliárd forint) kívánnak fordítani (ebből 9 millió eurót, azaz 2,4 milliárd forintot már oda is ítéltek).  A Long-Term Wheat Genomics to Breeding…..
Nemrég a Genomika Blogon olvastam, hogy az NCBI megszünteti a Sequence Read Archive genomi szekvenciaadatokat kiszolgáló adatbázisát. Az NCBI nem indokol, inkább ajánl helyette 5 másik adatbázist.A Genomika Blogon viszont azt olvashatjuk, hogy az NCBI esetleg nem tudott elég…..
ebarta 2011.03.20 18:32:31
"Az általam kevéssé ismert szekvencia adatbázis esetén tehát jóval valószínűbb, hogy időben fellépő kompatibilitási problémák tömege jelent meg, amiknek a kiküszöbölése olyan égtelenül drága lett volna, hogy az NCBI célszerűbbnek tartotta más adatbázisaira fordítani azt a pénzt, amit átállításra fordítottak volna, ha a szolgáltatás továbbra is marad."

IMHO ez egy téves megállapítás. A rendszer tökéletesen működött/működik! Ráadásul ezeknek az adatoknak a letöltéséhez nem kell semmi komolyabb informatikai hókusz-pókusz, én egyszerűen a jó öreg ftp protokollt használom! A genomika.blog.hu posztom óta egyébként beszéltem külföldi, nálam jobban informált bioinformatikusokkal erről, és mindenkinek az az egybehangzó véleménye, hogy a legnagyobb probléma most a sávszélesség. Magyarul olyan (és exponenciálisan növekvő) mennyiségű adatot (egy-egy NGS szekvenálás eredménye több tíz, sőt mostanában akár 100 Gbyte is lehet) próbálnak fel és letölteni, ami lelassítja, használhatatlanná teszi a rendszert.
A megoldás, amit az EU ELIXIR programja is próbál megvalósítani, az az elosztott adattárolás, azaz, hogy én például ne Amerikából vagy Hinxtonból, hanem egy magyar szerverről töltsem le az adatokat.
Mivel lassan az EBI szerverek elérése is nagyon lassú lesz, előbb-utóbb kénytelenek leszünk mi is áldozni ilyen szerverekre.

Az SRA honlapján felsorolt más adatbázisokban meg eddig is megvoltak ezek az adatok. A különbség az, hogy az SRA-ban vannak a durva szekvenálási adatok (szekvecia read-ek és a hozzájuk tartozó minőségi értékek), míg a GEO-ban például a már feldolgozott adatok (pl. ChIP-seq esetében a beküldők által meghatározott csúcsok)
Genomikai blog In memoriam SRA 2011.02.16 23:01:00
Korábban akartam írni egy posztot az EMBL adatbázis eltűnéséről. Most azonban sajnos egy NCBI-os bejelentés kapcsán egy másik adatbázis haláláról, vagy legalábbis hibernálásáról kell írnom.Az SRA (Sequence Read Archive) adatbázis tulajdonképpen a Trace  Archive lerakat…..
Az éves Advances in Genome Biology and Technology találkozón a Complete Genomics nevű cég bejelentette, hogy 60 teljesen megszekvenált, nagy lefedettségű genomszekvenciát tesz közzé. Két ftp helyről most 40, majd áprilistól újabb 20 genomszekvenciát lehet letölteni.A Complete…..
Az emberi genetikai (DNS szintjén kifejeződő) diverzitás egyik „klasszikus” vizsgálati módszere egyes mitokondriális, Y kromoszóma vagy riboszómális  RNS-t meghatározó DNS darabok szekvenálása többnyire PCR reakció után. A Humán Genom Program egyik nagy eredménye,…..
Genomikai blog Ülő Bika genomja 2010.08.31 23:52:00
Egy ártatlan, de PR szempontból jól felépített hír szerint meg akarják szekvenálni Ülő Bika (Tatanka Ijotake, Sitting Bull) a legendás sziú indián genomját. A szándékot az a dán kutató jelentette be (Eske Willerslev, Koppenhágai Egyetem), aki mint ahogy azt már korábban…..
A múlt héten volt szerencsém részt venni Olaszországban az EMBnet és EMBRACE szervezésében tartott „Next Generation Sequencing II” workshop-on. Az alábbiakban az előadásokról és a gyakorlati bemutatókról szeretnék írni néhány érdekességet:1. Peter Rice: Next EMBOSS…..
Miközben egyre több reklám sugallja, hogy az lenne számunkra a jó, ha gyakorlatilag steril körülmények között élnénk, tudvalevő, hogy mikrobák milliárdjaival élünk békés egymás élésben. Különböző mikroorganizmusok tömege és a bőrünkön, az emésztő…..
A GenomeWeb híre alapján:A Cold Spring Harbor-ban lezajlott „The Biology of Genomes” konferencián Richard Durbin beszélt az 1000 genom projekt állapotáról. Mint ismert, az 1000 genom projektet 2008 januárjában indították abból a célból, hogy minden addiginál mélyebb…..
Genomikai blog Neandervölgyi genom 2010.05.07 00:27:00
Minden azzal van tele, hogy egy lipcsei vezetésű tudós csapat meghatározta a neandervölgyi ősember genomját, amit a Science-ben publikáltak. Persze a "breaking news" nem ez, hanem hogy bebizonyították, azt hogy mégiscsak történt kereszteződés a mi közvetlen őseink és a…..
Pénteken (2010. április 30.) taggyűlést tartott Pesten a Genomikai Nemzeti Technológiai Platform (GNTP). Mi az a GNTP? A részleteket el lehet olvasni a honlapon, az én szubjektív olvasatomban a GNTP-nek az lenne a feladata, hogy megfogalmazza, bizonyítsa a döntéshozók számára (bárkik…..
A funkcionális genomika irodalmát, a legújabb cikkeket olvasva egyre többször találkozunk a referencia genom fogalmával. Ilyen eset például, amikor ChIP-SEQ eredményeket vagy egyszerűen transzkripciós faktorok kötőhelyeit közlik valami ilyen formában:hg18:chr3:1263536:1263545:r.Ez…..
Genomikai blog DNS nap 2010.04.22 22:46:00
A múltkor a feleségem iskolájában a Deák-napon tartottam egy genomika előadást, amit próbáltam úgy pozícionálni, hogy azért a biológia tanárok lehetőleg értsenek mindent. Az előadáshoz készülődvén odajött hozzám egy hetedikes diáklány és megkérdezte, hogy megnézheti-e…..
Az előző posztomban, ahol a microarray adatok metaelemzéséről írtam, nem említettem meg, hogy a legtöbb microarray minta emlőrákból volt. Ma megjelent a Nature-ben egy cikk, ahol Ding és munkatársai emlőrákból származó áttéteket vizsgáltak.Egy 44 éves afro-amerikai nőben…..
ArrayExpress Gene Expression AtlasSokszor felvetődik kérdésként egy génnel kapcsolatban, hogy hol, mikor, milyen körülmények közt, milyen fejlődési stádiumban, minek a hatására, na és milyen mértékben fejeződik ki, expresszálódik. A „klasszikus”…..
A tavaszi szünet kapcsán (a feleségemnek és a legkisebb lányomnak is szünet volt) április elsején Nagykanizsára menet elindultunk a szokásos tavaszi kirándulásunkra (képek itt). Bár szabadságon voltam, természetesen a genomikától így sem tudtam teljesen…..
Sejtmagvacska genomikaNémet és spanyol laboratoriumokban meghatározták a sejtmagvacskához (nucleolus) kapcsolódó DNS (nucleolus-associated chromatin domains, NADs) szekvenciáját. A munkához NIMBLEGEN microarray-t és utána 454-es (Roche) szekvenálást használtak.…..
A Science Express oldalon jelent meg egy cikk, amelyben elegáns kísérletekkel bizonyították be, hogy:Az egyes egyéneknél jelentősen (akár 25%-ban) különbözhet az éppen aktív transzkripciós pontok (ahová a polimerázII enzim komplex éppen kötődik)…..
Genomikailag nagyon tartalmas hetünk volt Megszekvenáltak öt új humán genomot, a háziasítás genetikai, darwini hátterét genomszekvenálással tárták fel, és így tovább. Néhány csemege:Egy négytagú család négy genomját szekvenálták meg. A családot…..